НП Пелистер изобилува со планински извори, потоци и две езера — Големо и Мало Пелистерско Езеро, кои претставуваат редок природен феномен на Балканот.
Хидрологија/ хидрографија
Територијата на НП Пелистер е богата со извори и поголем број постојани и повремени водотеци. На планината се регистрирани 45 извори, а поголемиот дел од нив се наоѓаат во сливиот на Црна Река (32 извори). Во сливот на Преспанското Езеро се регистрирани 13 извори.
На просторот на НП Пелистер поминуваат Брајчинска Река, реките Боројца, Губишица и Дрмишар, Езерска Река, реките Зли Дол и Крива Кобила, Кранска Река, Маловишка Река, Магаревска Река, Манастирска Река, реките Марушица и Мала Корија, Ржанска Река, реките Станишар, Стара Бука и Сапунџица, Црвена Река, реките Тапо Боте и Шемница, Цапарска Река и Ротинска Река. Од хидрографските појави во Националниот парк Пелистер посебно значајни се глацијалните езера. Василевски (2005) евидентира и дава детални податоци за 8 планински езера, од кои 3 постојани, 3 периодични и 2 повремени.